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「二次革命」失敗後中國時局變化使陳獨秀深受刺激，他認為在中國搞政治革命沒有意義，而欲「救中國、建共和，首先得進行思想革命」。
經過努力，上海群益書社應允發行由陳主編的《青年雜誌》。
1915年9月15日創刊﹐陳獨秀主編﹐上海群益書社印行(月刊)。6期為一卷。第1卷名《青年雜誌》。
陳獨秀所寫的發刊詞《敬告青年》是該刊的綱領性文章。
該文開明宗義指出「人權說」、「生物進化論」、「社會主義」這三事是近代文明的特徵，要實現這社會改革的三事，關鍵在於新一代青年的自身覺悟和觀念更新。
他勉勵青年崇尚自由、進步、科學，要有世界眼光，要講求實行和進取。他總結近代歐洲強盛的原因，認為人權和科學是推動社會歷史前進的兩個車輪。從而首先在中國高舉起科學與民主兩面大旗。
《新青年》的創刊是新文化運動興起的標誌，《敬告青年》一文則成為新文化運動的宣言書。
1916年1月15日，陳獨秀在1卷5號發表《一九一六年》一文，號召國人從頭懺悔，改過自新，一新其心血，以新人格，以新國家，以新社會，以新家庭，以新民族。
同時批駁了綱常名教，號召青年為三個目標而奮鬥：自居徵服地位，勿自居被徵服地位；尊重個人獨立自主之人格，勿為他人之附屬品；從事國民運動，匆囿於黨派運動。
1916年9月1日，《青年雜誌》易名《新青年》出版。陳獨秀在改刊後的《新青年》第一期上發表《新青年》一文，號召青年做」新青年」。
李大釗發表《青春》一文，在文中揭露封建制度給中國帶來的危害，並強調要寄希望於」青春中國之再生」；號召青年」本其理性，加以努力，進前而勿顧後，背黑暗而向光明，為世界文明，為人類造幸福」。
陳獨秀著文駁斥康有為「定孔教為國教」論
10月1日，陳獨秀針對康有為一意要把孔教定為國教的論調，在《新青年》二卷二號上發表《駁康有為致總統總理書》一文。
文章指出孔教和帝制的關係，說「別尊卑、重階級、事天尊君」這些孔教思想，正為歷代帝王所利用。定孔教為國教，不但違反思想自由之原則，而且違反宗教信仰自由之原則。
1917年初﹐陳獨秀任北京大學文科學長﹐編輯部也隨之從上海移至北京。
陳獨秀著文答顧克剛
7月4日，《新青年》三卷五號陳獨秀發表文章答顧克剛關於政治思想問題：「本志主旨，固不在批評時政，青年修養亦不在討論政治，然有關國命存亡之大政，安忍默不一言」，」若夫博學而不能致用，漠視實際生活上之冷血動物，乃中國舊式之書生，非二十世紀之新青年也」。
1917年初﹐先後發表了胡適的《文學改良芻議》和陳獨秀的《文學革命論》﹐正式揭起了」文學革命」的旗幟。
1918年初出版的第4卷第1期《新青年》刊登了胡適﹑沈尹默﹑劉半農的新詩創作。接著於1918年5月第4卷第5期雜誌全部改為白話﹐《新青年》成為當時第一個全部用白話文宣傳新思潮的刊物。
這一期上發表了魯迅的被視為中國現代文學史上第一篇白話短篇小說的《狂人日記》，充滿了對封建社會和家族制度，封建道德傳統的批判精神。
這篇小說和以後發表的《孔乙己》﹑《藥》﹑《風波》等的出現﹐顯示了文學革命的實績，它標誌《新青年》提倡的文學革命已經突破了單純理論的倡導而走上了創作實踐的道路。
此後在《新青年》上發表新詩的還有李大釗、陳獨秀、魯迅、周作、﹑俞平伯、康白情、沈兼士、沈玄廬、汪靜之、陳衡哲、陳建雷等人。
發表小說的除魯迅之外，還有陳衡哲。《新青年》進行過關於舊劇問題的討論，並發表了最早的話劇創作《終身大事》(胡適作)。
刊物還開闢「隨感錄」一欄，專門刊登時評及針砭舊思想舊文化的短文隨筆﹐魯迅在這裡發表了許多短文，成為雜文這一獨特的文學形式的濫觴。
1918年1月，陳獨秀召集《新青年》編輯部會議。李大釗、魯迅、錢玄同、劉半農、周作人、胡適、沈尹默參加編輯部。從7月開始，《新青年》採取輪流編輯辦法，陳獨秀負總責。
陳獨秀駁斥康有為
3月15日，陳獨秀在新青年2卷7號上發表駁康有為共和平議。駁斥康有為關於「中國不宜民主共和，而宜虛君共和」的種種論點，指出：「共和建設之初，所以艱難不易現實，往往復反專制或帝制之理由，乃因社會之惰力，阻礙新法使不易行，非共和本身之罪也……其反動所至，往往視改革以前黑暗尤甚，此亦自然之勢也。然此反動時代之黑暗，不久必然消滅，勝利之冠，終加諸改革者之頭上」。
胡適發表《建設的文學革命論》
4月18日，因倡導文學革命而倍受攻擊的胡適再次在《新青年》上發表文章《建設的文學革命論》。他在文章中說：我的」建設新文學論」的唯一宗旨只有十個大字：」國語的文學，文學的國語。」我們所提倡的文學革命，只是要替中國創造一種國語的文學。有了國語的文學，方才可有文學的國語。有了文學的國語，我們的國語才可算得真正的國語。
他又說，創造新文學的次序，約有三步：工具，方法，創造。我們的工具就是白話。應該趕緊籌備這個萬不可少的工具。
方法一是，多讀模範的白話文學。
方法二是，用白話做各種文學。
他又說，中國的文學，大病在於缺少材料。近人的小說材料，只有三種:
一種是官場，一種是妓女，一種是不官而官，非妓而妓的文學？其次新文學創作應獲得更多的創作手法。
胡適發表《貞操問題》
7月15日，胡適先生在《新青年》上發表貞操問題一文，對近來報端登載稱頌貞節烈女殉夫而自殺的文章嚴辭抨擊。
他說，中國的男子要他們妻子替他們守貞守節，自己卻公然嫖娼，這不是最不平等的事嗎?
他又說，我對於中國人的貞操問題，有三層意見。第一、這個問題並不是「天經地義」。第二、我以為貞操是男女雙方交互的道德。第三、我絕對反對褒揚貞操的法律。
陳獨秀、胡適覆信易宗夔，反對其觀點
10月15日，陳獨秀與胡適在《新青年》上聯名發表復易宗夔《論〈新青年〉之主張》的信。明確表示不同意易的主張，指出：「舊文學，舊政治，舊理論，本是一家眷屬，固不得去此而取彼;欲謀改革，乃畏阻力而牽就之，此東方人之思想，改革數十年而毫無進步之最大原因也」。
周作人發表《人的文學》
12月15日，周作人在《新青年》雜誌發表文章《人的文學》，提出他對新文學的看法。他說：我們現在應該提倡的新文學，就是「人的文學」。
他認為，人的文學應是人道主義。他說：我所說的人道主義，並非世間所謂「博施濟眾」的慈善主義，乃是一種個人主義的人間本位主義。
李大釗發表《庶民的勝利》
1919年1月，《新青年》刊登了李大釗的演說《庶民的勝利》一文。李大釗針對當時各帝國主義國家和北洋軍閥政府宣傳第一次世界大戰的勝利是」公理戰勝強權」，指出:」這回戰勝的，不是聯合國的武力，是全世界人類的新精神。
這回大戰，有兩個結果：一個是政治的，一個是社會的。政治的結果，是「大…….主義」失敗，民主主義戰勝。社會的結果，是資本主義失敗，勞工主義戰勝。
陳獨秀發表《本志罪案之答辯書》
1月15日，陳獨秀的《本志罪案之答辨書》在《新青年》第六卷第一號上發表。文章指出：在社會上非難本志的人分二種:
第一、是愛護本志的，一是反對本志的。
第二、人所非難本志的，無非是破壞舊倫理，破壞舊藝術，破壞舊宗教，破壞舊文學，破壞舊政治，這幾條罪案。
文章說:本志經過三年，發行已滿三十冊;所說的都是極平常的話，社會上卻大驚小怪，八面非難，那舊人物是不用說了，就是咕咕叫的青年學生，也把《新青年》看作一種邪說，怪物，離經叛道的異端，非聖無法的叛逆。
6月﹐陳獨秀被捕﹐《新青年》被迫停刊5個月。同年12月1日出版的7卷1期起﹐仍改為由陳獨秀一人主編。
魯迅發表《隨感錄四十》呼籲解放孩子
1919年1月15日，魯迅的《隨感錄四十》在《新青年》第六卷第一號上發表，呼籲解放孩子。
文中說:有一首詩，從一位不相識的少年寄來，題目為《愛情》。少年寫道：我是一個可憐的中國人。愛情!我不知道你是什麼。
我有父母，教我育我，待我很好;我待他們，也還不差。我有兄弟妹妹，幼時共我玩耍，長來同我切磋，待我很好;我待他們，也還不差。但是沒有人曾經「愛」過我，我也不曾「愛」過他。
我們還要叫出沒有愛的悲哀，叫出無所可愛的悲哀。我們要叫到舊帳勾消的時候。舊帳如何勾消？我說，「完全解放了我們的孩子」!
女性解放的宣言
9月1日，《新青年》第九卷第五號上發表《中華女界聯合會改造宣言》。
《宣言》指出：最近這解放的福音吹到東方來，就是被陰陽尊卑的孔教壓迫而失了精神上呼吸的中華女子，也得著一點新鮮空氣，想抬起頭來發出一點微聲要求解敵，是我們人類可以樂觀的地方。
《宣言》共分10條，包括「要求得入一切學校上學，與男子受同等教育」；「要求女子有選舉權、被選舉權及從事其他一切政治活動的權力」;男女同工同酬等。
不久雜誌社遷到廣州繼續出版。
同年9月，陳獨秀由廣州回到上海，主持中共中央工作，《新青年》也隨之遷回上海。
10月4日下午，法租界巡捕房又查抄《新青年》編輯部，拘押了陳獨秀等人，後經馬林、孫中山等營救，陳獨秀等人被保釋。《新青年》一度停刊。
中國首次大規模紀念」五一」國際勞動節
1920年5月1日，《新青年》7卷6號「勞動節紀念號」出版。發表蔡元培「勞工神聖」的題詞、孫中山「天下為公」的題詞和李大釗的《「五一」運動史》、陳獨秀的《上海厚生紗廠湖南女工問題》等文章。同時，還登載了《旅法華工工會簡章》及唐山、山西、長江等地的勞動狀況調查。
1920年9月，第8卷，《新青年》成為上海共產主義小組的機關刊物。中國共產黨成立，一度成為黨中央的機關刊物，陳獨秀主編。
8卷1期起﹐被迫遷回上海印行﹐實際上成為中國共產黨上海發起小組的機關刊物。
1921年2月11日，由於上海《新青年》雜誌社出售《階級鬥爭》、《到自由之路》等書籍畫報，法國巡捕房以」言詞激烈，有違租界章程」為由，將《新青年》雜誌社強行封閉。
1922年7月，出至9卷6期後休刊。以後改為季刊。
瞿秋白翻譯史達林著作《論列寧主義》中的《列寧主義概述》部分4月22日在《新青年》第1號上發表。《新青年》季刊1923年6月15日中共理論刊物《新青年》季刊在廣州創刊，已是純政治性的中共中央機關理論刊物，瞿秋白主編。
《新青年》季刊是繼《新青年》月刊出版的，由翟秋白譯的《國際歌》的中文歌詞，首次在這個刊物上發表。
1925年4月《新青年》介紹了蔣光赤的一本謳歌十月革命和社會主義制度的旅俄詩集《新夢》是現代中國文學界的」一個響雷、一盞明燈」次年《新夢》又由新青年社作第三次印刷發行，改為橫排本。
1925年4月起出不定期刊，共出5期，次年7月停刊。後期的《新青年》介紹了大量馬列主義著作和國際無產階級革命運動的經驗。
瞿秋白駁斥國民黨右派
1926年3月25日，瞿秋白在《新青年》第3號上發表《國民革命運動中之階級分化-國民黨右派和國家主義派之分析》。
自1915年9月15日創刊以來共出9卷54號，終因內部意見分歧和外部壓力所致，《新青年》於1926年7月終刊。